Центральная дирекция управления движением является филиалом ОАО "РЖД". Орган управления организации расположен в Москве и включает в себя Управление движения, Управление по тяговым ресурсам, Службу планирования и анализа эксплуатационной работы, Службы управления персоналом, Управления делами, Экономическую и Финансовую, а также Техническую и Технологическую службы.

На региональном уровне функционирует 16 дирекций управления движением – структурных подразделений Центральной дирекции (Октябрьская, Калининградская, Московская, Горьковская, Северная, Северо-Кавказская, Юго-Восточная, Приволжская, Куйбышевская, Свердловская, Южно-Уральская, Западно-Сибирская, Красноярская, Восточно-Сибирская, Забайкальская и Дальневосточная).

В Центральной дирекции созданы шесть Центров управления тяговыми ресурсами:

• на полигоне Московской железной дороги (г. Москва),
• на полигоне Октябрьской железной дороги (г. Санкт-Петербург),
• на волжском полигоне (г. Самара),
• на северном полигоне (г. Ярославль),
• на южном полигоне (г. Ростов-на-Дону),
• на урало-сибирском полигоне (г. Новосибирск).

1 ноября 2016 года в городе Иркутске начал свою работу Центр управления перевозками Восточного полигона (ЦУП ВП).